درسال ۱۳۶۴ پس از تشکیل دانشگاه علوم پزشکی ایران به پیشنهاد آقای دکتر علیرضا سالک مقدم، گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی در دانشکده پزشکی تشکیل گردید. در آن زمان، این گروه شامل رشته های میکروب شناسی، ایمنی شناسی و ویروس شناسی بود. در سال ۱۳۷۱، گروه های میکروب شناسی و ایمنی شناسی دانشکده پیراپزشکی و دانشکده بهداشت نیز به این گروه ملحق گردید و گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی دانشگاه علوم پزشکی ایران تاسیس گردید.
اولین مدیر گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی، آقای دکتر علیرضا سالک مقدم بودند که تا زمان تفکیک گروه های میکروب شناسی و ویروس شناسی، مدیریت گروه را به عهده داشتند.در زمان مدیریت آقای دکتر سالک مقدم، ردیف های گروه ( و کارشناس و هیئت علمی ) مشخص شد و بر اساس ردیف ها کارشناسان و اعضای هیئت علمی استخدام گردیدند.در بدو تاسیس گروه، آقای دکتر رضایی، خانم دکتر نیره حکاک و خانم دکتر درانی به همراه خانم دکتر جمیله نوروزی و آقای فرامرز مسجدیان، اساتید ثابت بخش باکتری شناسی این گروه بودند. اولین گروه دانشجویان کارشناسی ارشد میکروب شناسی در سال ۱۳۷۷ وارد دانشگاه شدند. اولین گروه دانشجویان دکترای تخصصی میکروب شناسی نیز در سال ۱۳۸۰ پذیرش گردیدند.
در سال ۱۳۷۹ با توجه به وسعت گروه، گروه میکروب شناسی از گروه ایمنی شناسی منفک گردیده و به صورت گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی ایران به فعالیت خود ادامه داد.
اولین مدیر گروه میکروب شناسی آقای دکتر نور امیر مظفری (۱۳۸۴-۱۳۷۹ ) بودند. در راستای سیاست توسعه فعالیت گروه ها در سال ۱۳۸۲، گروه ویروس شناسی نیز از گروه میکروب شناسی جدا گردید. سپس آقای دکتر عبدالعزیز رستگار لاری به عنوان مدیر گروه انتخاب شدند (۱۳۸۶-۱۳۸۴). در سال ۱۳۸۶ خانم دکتر جمیله نوروزی، به عنوان مدیر گروه تا اسفند سال۱۳۸۷ که به افتخار باز نشستگی نائل شدند، مدیر گروه بودند. از سال ۱۳۸۸ تا سال ۱۳۹۸ آقای دکتر غلامرضا ایراجیان، به عنوان مدیر گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی ایران، فعالیت داشتند. سپس از فروردین ۱۳۹۸ تا دی ماه ۱۳۹۹ آقای دکتر نور امیرمظفری به عنوان مدیر گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی ایران، فعالیت داشتند. از دی ماه ۱۳۹۹ آقای دکتر غلامرضا ایراجیان به عنوان مدیر گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی ایران منتخب شدند.